মেহবুবা সম্প্রতি বিতর্কের ঝড় তুলে দিয়েছেন। প্রায় ১৪ মাস গৃহবন্দি থাকার পর সম্প্রতি মুক্তি পেয়েই তিনি জানিয়ে দিয়েছেন, নির্বাচন লড়ায় বা জাতীয় পতাকা তোলায় তিনি উত্সাহী নন, যতক্ষণ না গত বছরের ৫ আগস্ট কার্যকর হওয়া সাংবিধানিক বদলগুলি প্রত্যাহার করা হচ্ছে। ২০১৯ এর ওইদিনই জম্মু ও কাশ্মীরে সংবিধানের ৩৭০ ধারা প্রত্যাহার করে রাজ্যের বিশেষ মর্যাদা বাতিল করে তার বিভাজন ঘটিয়ে দুটি আলাদা কেন্দ্রশাসিত এলাকা ঘোষণা করা হয়। সাবেক জম্মু ও কাশ্মীরের আলাদা পতাকা ফিরলেই তিনি তেরঙ্গা পতাকা তুলবেন বলে জানিয়ে দেন মেহবুবা।
তাঁর এই বিস্ফোরক মন্তব্যের বিরোধিতা করে পিডিপি সভানেত্রী ভারতের পতাকার অসম্মান করছেন বলে অভিযোগ তোলে বিজেপি, জানিয়ে দেয়, সাংবিধানিক পদ্ধতি মেনেই ৩৭০ ধারা বাতিল করা হয়েছে, তা ফেরানোর প্রশ্নই নেই। মেহবুবার মন্তব্যের নিন্দা করে তিনি জাতীয় পতাকার পবিত্রতাকে ধুলোয় মিশিয়ে দিয়েছেন বলে দাবি করেন কেন্দ্রীয় মন্ত্রী রবিশঙ্কর প্রসাদ । বলেন, তেরঙ্গা পতাকা ভারতের যে ভাবমূর্তির পরিচয় দেয়, তাকেই নানা ভাবে অসম্মান করেছেন মেহবুবা। বিজেপি একা নয়, জম্মু ও কাশ্মীর প্রদেশ কংগ্রেসও মেহবুবার মন্তব্য় গ্রহণযোগ্য নয়, মানুষের ভাবাবেগে আঘাত করেছে বলে জানিয়েছে।