২০০৮ সালের ২৬ নভেম্বর মুম্বইয়ে সন্ত্রাসবাদী হামলার পর সে বছরেরই ৩১ ডিসেম্বর এনআইএ গঠন করা হয়। ২০০৯ সালের ১৯ জানুয়ারি থেকে কাজ শুরু করে এই সংস্থা। সন্ত্রাসবাদী কার্যকলাপ রোখার জন্যই কাজ করে এনআইএ। জিহাদি সন্ত্রাসবাদ, উত্তর-পূর্ব ভারতে জঙ্গি কার্যকলাপ, জঙ্গি কার্যকলাপে অর্থসাহায্য ও জাল নোট, মাওবাদী কার্যকলাপ সহ বিভিন্ন বিষয়ে তদন্ত করছে এনআইএ।
শুরুতে এনআইএ-র দফতর ছিল নয়াদিল্লির একটি হোটেল। পরে নয়াদিল্লির জয়সিংহ রোডের একটি দফতরে সরে যায় এনআইএ-র সদর দফতর। এবার স্থায়ী সদর দফতর পাচ্ছে এনআইএ। ২০১৩ সালের ২৩ ডিসেম্বর নগরোন্নয়ন মন্ত্রক এনআইএ-র সদর দফতর গঠনের জন্য ২২.৭৮ লক্ষ টাকায় ১.০৩৫৬ একর জমি দেয়। সেই জমিতেই তৈরি হয়েছে দফতর। এছাড়া কলকাতা, লখনউ, হায়দরাবাদ, কোচি, গুয়াহাটি, মুম্বই, রায়পুর ও জম্মুতে এনআইএ-র শাখা আছে। মালদা, শিলিগুড়ি, রাঁচি, চণ্ডীগড়, শ্রীনগর, চেন্নাই, বেঙ্গালুরু, বিশাখাপত্তনম, আমদাবাদ, ভারুচ, জগদলপুর, পটনা, বিজয়ওয়াড়া ও ইম্ফলে এনআইএ-র ক্যাম্প অফিস আছে।