২০০৬-এ ঔরঙ্গাবাদে অস্ত্র উদ্ধারের ঘটনায় গ্রেফতার ফিরোজ দেশমুখ স্বীকার করেছে, জাকিরের বক্তৃতায় অনুপ্রাণিত হয় সে। একই কথা বলেছে ইন্ডিয়ান মুজাহিদিনের কাতিল আহমেদ সিদ্দিকিও। সংযুক্ত আরব আমীরশাহিতে পালানোর সময় গত বছর গ্রেফতার হয় আফশা জাবিন। আইএসের সমর্থনপ্রাপ্ত সংগঠন গড়ে তোলায় এনআইএ-র হাতে গ্রেফতার হয় মুদাব্বির শেখ, মহম্মদ ওবাইদুল্লা খান, আবু আনাস ও মহম্মদ নাফিস খান। সকলেই দাবি করেছে, জাকিরের বক্তৃতা শুনে এ পথে পা বাড়িয়েছে এরা।
বিভিন্ন ধর্মীয় সম্প্রদায়ের মধ্যে বিদ্বেষ বাড়ানোর অভিযোগে জাকিরের ইসলামিক রিসার্চ ফাউন্ডেশনের বিরুদ্ধেও ইউএপিএ প্রয়োগ করতে চলেছে কেন্দ্র। অভিযোগ, এর সদস্যরা জোর করে ধর্মান্তরকরণে যুক্ত। আইআরএফ ও তার সহযোগী সংগঠনগুলি বেআইনি ঘোষিত হলেই দেশদুড়ে এদের সবকটি অফিস ও যাবতীয় কাজকর্ম বন্ধ হয়ে যাবে। মুম্বই ও চেন্নাইয়ে এরা চালায় ইসলামিক ইন্টারন্যাশনাল স্কুল, এছাড়াও মুম্বইতে বহু সম্পত্তি রয়েছে। আইআরএফ নিষিদ্ধ হলে ওই স্কুলের মালিকানা অন্য কোনও সংগঠনের হাতে তুলে দিতে পারে মহারাষ্ট্র সরকার। স্কুলটির চেন্নাই শাখার সঙ্গেও একই ঘটনা ঘটতে পারে।
কেরল থেকে সাম্প্রতিককালে যে ১৭জন যুবক যুবতী আইএসে যোগ দিতে গেছে, তাদের কয়েকজনকে জাকিরের সাঙ্গোপাঙ্গোরা ধর্মান্তরে বাধ্য করে বলে অভিযোগ। এই দিকটিরও তদন্ত চলছে।