গত বছরের ১ জুলাই বাংলাদেশের গুলশনে হোলি আর্টিজান বেকারিতে জঙ্গি হামলার পিছনে জাকিরের উস্কানি ছিল বলে অভিযোগ ওঠে। এরপরেই দেশ ছেড়ে পালান জাকির। তাঁর বিরুদ্ধে সন্ত্রাসবাদে মদত দেওয়া এবং অর্থ পাচারের অভিযোগে তদন্ত শুরু হয়। গত বছরের ১৮ নভেম্বর জাকিরের বিরুদ্ধে ভারতীয় দণ্ডবিধির বিভিন্ন ধারায় মামলা দায়ের করে এনআইএ। জাকিরের সংস্থা ইসলামিক রিসার্চ অর্গানাইজেশনকে বেআইনি সংস্থা ঘোষণা করে সরকার।
জাকির দেশ থেকে পালিয়ে যাওয়ার পর সৌদি আরবে রয়েছেন বলে খবর। পশ্চিম এশিয়ার একটি সংবাদমাধ্যমের দাবি, জাকিরকে নাগরিকত্বও দিয়েছে সৌদি আরব। তবে এই খবরের সত্যতা জানা যায়নি।