২০০৭-এর ১৮ ফেব্রুয়ারি হরিয়ানার পানিপথের কাছে আত্তারি এক্সপ্রেসে (সমঝোতা) বিস্ফোরণ হয়। প্রচণ্ড বিস্ফোরণের ফলে ট্রেনটির বেশ কয়েকটি কোচে আগুন লাগে। আগুনে পুড়ে ৬৮ জনের মৃত্যু হয় এবং ১২ জন আহত হন। সেই ঘটনার সঙ্গে যুক্ত থাকার অভিযোগে স্বামী অসীমানন্দ, অধুনা প্রয়াত সুনীল জোশি ওরফে সুনীলজি, রামচন্দ্র কালসাঙ্গরা, সন্দীপ ডাঙ্গে, লোকেশ শর্মা, কমল চৌহান, অমিত ও রাজেন্দ্র চৌধুরীর বিরুদ্ধে চার্জশিট জমা দিয়েছে এনআইএ। তবে পুরোহিতের সঙ্গে এই ঘটনার যোগ থাকার প্রমাণ পাওয়া যায়নি বলেই জানিয়েছেন এনআইএ-র ডিরেক্টর জেনারেল শরদ কুমার। তাঁর আরও বক্তব্য, পুরোহিত কোনওদিন এই মামলায় অভিযুক্ত ছিলেন না। এই ঘটনার সঙ্গে কীভাবে পুরোহিতের নাম জড়াল সেটাই তিনি বুঝতে পারছেন না।
২০০৮-এর ২৯ সেপ্টেম্বর মালেগাঁও বিস্ফোরণে অবশ্য পুরোহিত অন্যতম অভিযুক্ত। এই বিস্ফোরণে চারজনের মৃত্যু হয় এবং বেশ কয়েকজন আহত হন। প্রথমে মহারাষ্ট্রের সন্ত্রাস দমন শাখা তদন্ত শুরু করে। পরে এনআইএ তদন্তভার নেয়। পুরোহিত ছাড়াও প্রজ্ঞা সিং ঠাকুর, শিবনারায়ণ কালসাঙ্গরা, শ্যাম সাহু, রমেশ উপাধ্যায়, সমীর কুলকার্নি, অজয়, রাকেশ ধাবাড়ে, জগদীশ মাত্রে, সুধাকর দ্বিবেদী, সুধাকর চতুর্বেদী ও প্রবীণ টাকালকিকে গ্রেফতার করা হয়েছে। সমঝোতা বিস্ফোরণ মামলায় নাম থাকা রামচন্দ্র ও সন্দীপও এই মামলায় অভিযুক্ত। তবে এই দু জন পলাতক।