২০০৮ সালের মালেগাঁও বিস্ফোরণে প্রজ্ঞা সহ ৬ জনের উপর থেকে মকোকা আইনে দায়ের হওয়া অভিযোগ প্রত্যাহার করে নিয়েছে জাতীয় তদন্তকারী সংস্থা (এনআইএ)। লেফট্যানেন্ট কর্নেল শ্রীকান্ত পুরোহিত সহ বাকি ১০ জন অভিযুক্তর বিরুদ্ধে অবশ্য মামলা বহাল রয়েছে।
তদন্ত শেষ হওয়ার পরেই প্রজ্ঞার উপর থেকে যাবতীয় অভিযোগ প্রত্যাহার করা হয়েছে বলে দাবি রিজিজুর। তিনি ইউপিএ সরকারের বিরুদ্ধে তদন্তকারী সংস্থাগুলিকে প্রভাবিত করার অভিযোগ এনেছেন। স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রীর বক্তব্য, নিজেদের স্বার্থেই ‘হিন্দু সন্ত্রাস’-এর কথা প্রচার করত ইউপিএ সরকার।