ন্যাশনাল ইনভেস্টিগেশন এজেন্সি (এনআইএ) তাঁর বিরুদ্ধে মহারাষ্ট্র সংগঠিত অপরাধ নিয়ন্ত্রণ আইনে দায়ের হওয়া অভিযোগ খারিজ করার পর ২০১৭-র এপ্রিল স্বাস্থ্যজনিত কারণে প্রজ্ঞার জামিনের আবেদন মঞ্জুর করে বম্বে হাইকোর্ট। বর্তমানে বেআইনি কার্যকলাপ (রোধ) আইন বা ইউএপিএ-র আওতায় একাধিক অভিযোগে বিচার চলছে তাঁর। সর্বশেষ লোকসভা নির্বাচনে কংগ্রেস প্রার্থী মধ্যপ্রদেশের প্রাক্তন মুখ্যমন্ত্রী দিগ্বিজয় সিংহকে ভোপালে পরাজিত করে এমপি নির্বাচিত হয়েছেন প্রজ্ঞা।
কংগ্রেস প্রজ্ঞাকে ওই কমিটিতে মনোনীত করার পদক্ষেপকে ‘দেশের প্রতিরক্ষা বাহিনী ও প্রত্যেক ভারতীয়ের অপমান’ বলে জানিয়েছে। দলের সরকারি ট্যুইটার হ্যান্ডলে বলা হয়েছে, সন্ত্রাসে অভিযুক্ত, অন্ধ গডসে-ভক্ত প্রজ্ঞা ঠাকুরকে বিজেপি সরকার প্রতিরক্ষা মন্ত্রকের সংসদীয় কমিটির সদস্য হিসাবে মনোনীত করেছে। এভাবে আমাদের দেশের প্রতিরক্ষা বাহিনী, দেশের বিদগ্ধ সাংসদদের ও প্রতিটি ভারতবাসীকে হেয় করা হল।
প্রখ্যাত আইনজীবী প্রশান্ত ভূষণও মোদী সরকারকে খোঁচা দিয়ে ট্যুইট করেছেন, প্রজ্ঞা সিংহ ঠাকুরকে প্রতিরক্ষা বিষয়ক সংসদীয় প্যানেলে মনোনীত করা হয়েছে। প্রজ্ঞা নাথুরাম গডসেকে ‘দেশপ্রমিক’ আখ্যা দেওয়ায় নরেন্দ্র মোদী বলেছিলেন, মালেগাঁও বিস্ফোরণ মামলার আসামীকে কখনও ক্ষমা করতে পারবেন না। তবে দেশের প্রতিরক্ষায় সিদ্ধান্ত নেওয়ার ব্যাপারে একজন স সন্ত্রাস মামলার আসামীই সবচেয়ে যোগ্য লোক দেখা যাচ্ছে!