২০১৭ সালে গোরক্ষপুর হাসপাতালে অক্সিজেনের ঘাটতির জেরে শতাধিক শিশুমৃত্যুর অভিযোগ ঘিরে নাম জড়ায় শিশুরোগ বিশেষজ্ঞ কাফিলের। তাঁকে সাসপেন্ড করা হয়। গত বছর তিনি শিরোনামে আসেন আলিগড় মুসলিম বিশ্ববিদ্যালয়ে সংশোধিত নাগরিকত্ব আইনের (সিএএ) বিরুদ্ধে আয়োজিত সভায় উসকানিমূলক ভাষণ দেওয়ার এনএসএ-তে অভিযুক্ত হয়ে। তাঁর মা নুজঝত পরভীনের পেশ করা হেবিয়াস কর্পাস পিটিশনে সম্মতি দিয়ে গত সেপ্টেম্বর কাফিলকে আটক রাখার নির্দেশ খারিজ করে এলাহাবাদ হাইকোর্ট। সাত মাস জেলে কাটিয়ে ছাড়া পান কাফিল।
হাইকোর্টের আদেশ চ্যালেঞ্জ করে কেন্দ্র ও উত্তরপ্রদেশ সরকার যৌথভাবে সুপ্রিম কোর্টে যায়, আবেদন পেশ করে বলে, কাফিল নিষেধাজ্ঞামূলক আদেশ উপেক্ষা করে এএমইউয়ের পড়ুয়াদের সামনে প্ররোচনামূলক ভাষণ দিয়েছেন, উদ্দেশ্য ছিল মুসলিম পড়ুয়াদের অন্য ধর্মের লোকজনের বিরুদ্ধে ক্ষেপিয়ে তুলে আলিগড়ে অশান্তি ছড়ানো। পিটিশনে বলা হয়, তাঁর ২০১৯ এর ১৩ ডিসেম্বরের ভাষণে উত্তেজিত প্রায় ১০ হাজার এএমইউ পড়ুয়া আলিগড় শহরের দিকে মিছিল করে যায়। পিটিশনে আরও উল্লেখ করা হয়, কাফিলের নানা ধরনের অপরাধে জড়ানোর ইতিহাস আছে, যার পরিণতিতে তাঁর বিরুদ্ধে শৃঙ্খলাভঙ্গের দায়ে পদক্ষেপ করা হয়েছে, চাকরি থেকে সাসপেন্ড হয়েছেন তিনি, তাঁর বিরুদ্ধে এফআইআর দায়ের, এনএসএ প্রয়োগ করা হয়েছে।