২০১৫ সালের ৭ জুলাই ৩৪ বছরের শাহিদ বিয়ে করেন তাঁর থেকে ১৩ বছরের ছোট মীরা রাজপুতকে। ২০১৬-র ২৬ অগাস্ট প্রথমবার মা হন মীরা। জন্ম নেয় শাহিদ-মীরার প্রথম সন্তান মিশা। তার ঠিক ২ বছর পর দ্বিতীয় সন্তানকে স্বাগত জানালেন তাঁরা। মীরার মা বেলা রাজপুতকে হাসপাতালে দেখা যায়, দেখা যায় শাহিদের বৈমাত্রেয় ভাই ঈশান খট্টর ও মা নীলিমা আজিমকে।
মিশার জন্মের পর নিজের টুইটার হ্যান্ডলে এই খুশির খবর শেয়ার করেন শাহিদ। মীরার দ্বিতীয়বার মা হতে চলার খবরও সোশ্যাল মিডিয়ায় জানান তিনি। কিন্তুন ছেলের জন্মের পর ব্যস্ত বাবা এখনও নিজে থেকে কিছু জানাতে পারেননি।