বিশেষ তদন্ত দল (সিট) মোদী ও আরও ৫৮ জনকে যে ক্লিনচিট দিয়েছিল, ২০১৭-র অক্টোবরে গুজরাত হাইকোর্ট তা বহাল রাখে। তাকেই চ্যালেঞ্জ করে সুপ্রিম কোর্টে পিটিশন দিয়েছেন জাকিয়া ও সিটিজেন্স ফর জাস্টিস অ্যান্ড পিস সংস্থার তরফে সমাজকর্মী তিস্তা শেতলবাদ। পিটিশনে সুপ্রিম কোর্ট নিযুক্ত সিটের ক্লোজার রিপোর্ট বহাল রেখে ম্যাজিস্ট্রেটের দেওয়া রায় ও সিটের বিভিন্ন মতামত, পর্যবেক্ষণের বিরোধিতা করেছেন তাঁরা।
গোধরায় ট্রেনে অগ্নিসংযোগের জেরে ২০০২ এর ২৮ ফেব্রুয়ারি আমদাবাদের গুলবার্গ সোসাইটিতে মারমুখী জনতার হামলায় নিহত হন এহসান ও আরও ৬৮ জন। তদন্ত শুরু হওয়ার পর জাকিয়া ২০০৬-এ দাবি করেন, হিংসার জন্য মোদী, কয়েকজন মন্ত্রী ও আমলার বিরুদ্ধেও মামলা করুক পুলিশ।
২ বছর পর সুপ্রিম কোর্ট রাজ্য সরকারকে গুলবার্গ হত্যাকাণ্ড সহ ৯টি বড় হিংসা মামলার তদন্ত করতে নির্দেশ দেয়। ২০০৯ এর ২৭ এপ্রিল জাকিয়ার অভিযোগ খতিয়ে দেখতে বলে সিট-কে। সিট ২০১২-র মার্চে মোদীর বিরুদ্ধে তদন্ত করে এক বছর বাদে ক্লোজার রিপোর্ট পেশ করে, যাতে বলে দেওয়া হয়, তাঁর সম্পর্কে তোলা যাবতীয় অভিযোগের স্বপক্ষে কোনও প্রমাণই মেলেনি।